En revanche, pour la boîte de vitesses, les modifications sont nombreuses.

Le rapport de pont et modifié, la GTI 16S reçoit une boîte de type FP avec un rapport de 4,17 (le pont tire plus court que sur une 8 soupapes). VAG France a opté pour le brio !

Pour encaisser l'excès de puissance, les bagues de synchronisation des deuxièmes et troisièmes rapports sont spécifiques. Il en est de même pour le corps de synchroniseur du cinquième rapport.

Enfin, le mécanisme et l'embrayage "renforcé" sont également spécifiques à la boîte FP.
Remarque : le volant moteur est équilibré.